旗舰这个词，是什么时候起源的，恐怕很难找到最初的源头。毕竟在正规海战出现前，就有内陆水面，包括河流和湖泊上的舰船作战。人类发明独木舟至少有上万年的历史，那么水上交战恐怕也有三四千年的历史了。而早在三千年前，就有周昭王带兵乘船在汉水上作战，却被楚人算计，最终船沉了，周王被当即淹死的历史记载。这说明中原周边的水上作战很早就有。到了三国时代，像赤壁之战已经出现了双方舰队大规模排列在江面上会战的形态，如果此时把曹操或者周瑜的指挥大旗直接搬到某艘大型楼船上指挥大规模的舰队，那么这种主将所在的舰船就应该叫旗舰。而西方的希波战争，早在2500多年前也已经出现了海上舰队的大规模互殴，那么其中必然有专门的舰队司令所在的指挥舰，这就是西方旗舰的起源了。



而正规舰队旗舰的出现，则基本是在大航海时代以后，也就是风帆战列舰大规模海上拼杀的时代，比如在特拉法尔加海战中，纳尔逊的胜利号就是典型的风帆战列舰舰队中旗舰，一直保留至今。此时旗舰的意思，就不再是直接在舰队司令的座舰上升起一个大大的“帅”字，而是有专门的司令旗，并且通过不断的变换旗语、向舰队中下属的其他战舰随时下达不同的舰队运动和作战指令，因为在无线电被发明和运用到海战之前，用旗语是最快最有效的下达和传输舰队作战命令的主要方式。舰队的旗语也包括变换挂出的信号旗，以及信号兵通过不用的身体语言临时传输的信号。到了夜间也可以用闪烁的灯光传递一定的指挥和沟通信息。舰队白天用旗语、夜间用灯光可以在几十海里的范围内快速接力式传递命令和信息。




因为在大航海时代，很早就有了单目望远镜，因此旗舰一旦挂出旗语，则分布在十几海里范围内的本方舰支甚至对手的舰只，都可以较快的了解和破译旗语的内容。即使到了当今，海上已经使用了卫星和短波通讯这些现代手段的情况下，最原始的国际海军旗语仍然没有过时。熟练地掌握基本的国际旗语的使用和解读方法，仍然是当今海军指挥专业的最基本技能之一。而到了蒸汽铁甲舰时代，舰队作战必须保持最专业的编队队形，也就是时刻要抢夺T字头这种对本方舰队集火炮击最有利的海上队形和位置，此时舰队旗舰的作用则发挥到了极致。此时舰队司令或者分舰队司令一定会时刻在旗舰上指挥舰队的移动。一旦发现敌情则快速地通过无线电、旗语或灯光等多种方式同步下达命令，为了有利于观察，



和根据瞬息万变的现场情况下达最有利的指令，此时舰队旗舰都要尽量地航行在本舰队最前方或者比较突前的位置。因此旗舰也必然最先接敌并且承受对手发射的猛烈炮火。为了同时具备比较强的机动变换队形的能力和对来袭炮火的防御力，此时旗舰多设置在战列巡洋舰上面，而且有专门厚重装甲防御的司令塔，就是担心舰队司令和指挥集体刚刚接敌就被对手一锅端。在大东沟海战这个全球最早的蒸汽铁甲舰的舰队决战中，北洋舰队的整体指挥从一开始就出了问题。因为作为旗舰的定远舰开火的第一炮没有打中对手，反倒直接震塌了司令舰桥，把提督丁汝昌摔成了重伤，这样就等于全舰队没有了旗舰指挥，队形顿时大乱，被对手迅速分割包围。而致远此时主动挂出司令旗，想接替定远舰的指挥位置。但是致远舰又被对艘敌舰反包围，



最后时刻又冲得过于靠前，再次失去了旗舰对全舰队的指挥作用。因此大东沟海战失利有千万条理由，但是旗舰的作用从一开始就失去，是所有失败原因中最重要的一条。这个教训必须时刻记住。到了当代，全球像样的海军仍然基本存在旗舰一说。哪怕舰船数量比较少的海军，也就会刻意拿出其中一艘吨位相对比较大、性能相对比较强的舰艇作为自家的旗舰。而对当今的世界级大海军来说，各分舰队的旗舰到底是哪一艘，反倒一般并不公开。因为现代海军其实早就是海陆空天一体，已经不是完全靠旗语和现场指挥作战的老式旗舰时代，提前公布舰队旗舰是哪一艘，反倒有可能提前暴露舰队指挥中心的位置而带来不必要的麻烦。当今的一些大型舰队，有不少其实是双指挥中心的设置，就是要防止旗舰一旦战损，会出现指挥混乱的情况。