因为执政后迟迟不说清两岸关系的性质，蔡英文正陷入两难困境。
一方面，大陆方面要求她必须承认“九二共识”、两岸一中，给她施加越来越大的压力。台湾本已不大的国际空间因此被限缩，很多在马英九时代有机会参加的国际会议也被屏蔽，结果连宋楚瑜循惯例参加个APEC搞得都好像为蔡英文当局立了一大功。
经济层面，“新南向”还前途未卜（连推出过“南向政策”的李登辉最近都说，他不知道蔡英文搞“新南向”都能做些什么）、TPP却因为特朗普当选已胎死腹中。对于深陷经济困境，还未上任就将“新南向”和TPP视为两大脱困良方的蔡当局而言，这实在是极沉重的打击。
TPP夭亡后，蔡英文又将争取加入RCEP及和相关国家签署自贸协定作为参与区域经济整合的主要药方。但RCEP作为由大陆方面主导的区域经济组织，民进党当局如果不说清楚两岸问题的性质、不承认两岸同属一中的“九二共识”，想加入根本就毫无可能。
至于双边自贸协定，蔡当局显然是将日本视为首选对象。但一则台日经济现在根本就不具有几十年前的互补性；二则，日本也已经看透了在两岸趋向紧张、台美关系因川普当选面临考验情势下，蔡当局急于拥日取暖的焦急心态，趁机提高要价，要求台湾先为福岛核灾区食品放行，结果这个事情引爆台湾，反对者超过7成，严重挫伤了蔡当局的民意基础。
更关键的是，来自大陆方面的政治压力传递到台湾内部，还引发了经济、民生、安全等各种问题。
台湾人选择蔡英文当领导人，是想要她推行改革、带领台湾摆脱经济困境，如果这些愿望无法实现，最起码也要保持台海和平稳定，不要因为两岸紧张影响到日常的“小确幸”生活。所以，当蔡英文在大选和520演讲时将改革、发展经济、“维持现状”等作为竞选主轴，立刻就赢得了台湾人心。
但遗憾的是，蔡英文上任半年来，改革一筹莫展、经济一动不动，两岸关系却先陷入紧张和对峙，根本就无法“维持”下去。这些变化，让当初将票投给蔡英文和民进党的中间选民，又开始怀疑蔡英文到底有没有改革和发展经济的能力，有没有维持两岸关系和平稳定的意愿和能力。所以蔡英文这几个月来的民调就从近60%满意度很快就直落到35%左右。
另一方面，因为蔡英文迟迟不说清楚两岸问题的性质，“台独”基本教义派也发现了机会，开始蠢蠢欲动，想把蔡英文往这个阵营里捆绑、劫持。
因为对马英九八年执政两岸关系不断走近不满，加上蔡英文曾协助李登辉推出“两国论”的历史和她一直不承认“九二共识”等原因，“台独”基本教义派曾力挺蔡英文登上“大位”，将蔡的当选和民进党的二度执政，视为台湾“脱离中国、走向独立”的最后机会。
以蔡英文的意识形态，如果这条路能够走通，她一定会走。因为她和基本教义派一样——要的即不是中国，也不是“中华民国”，要的“台湾共和国”。他们认为“台湾就是台湾，中国就是中国”，“中华民国”对台湾而言只是个外来政权。所以基本教义派支持蔡英文登上“大位”，是希望蔡英文能为台湾“去中国化”，还要“去中华民国化”——事实上就是蔡当局现在做的事情。
然而，蔡英文一上任就被困在“中华民国”的“宪政”框架内，520后又一直用模糊化的“维持现状”和“中华民国宪法”、“两岸人民关系条例”处理两岸关系。这不是因为她丢掉了自己的意识形态，而是到了“总统”的位置上心里才最清楚，如果她宣布或者直接推动“台湾独立”，不仅美国不同意，对北京来说也意味着战争。而以目前两岸实力严重失衡的局面，如果战争发生，就等于是白白送给北京统一机会，届时不仅基本教义派想要的“独立”会成为泡影，连他们不想要的“中华民国”也会永久消失，蔡英文从此就可能成为一个“流亡总统”。
“台独”基本教义派认识不到两岸实力对比变化，也体会不到蔡英文妥协的原因，就硬逼着蔡英文跳出“宪政”框架，推动以台湾之名建立一个“独立国家”。李登辉最近接受日媒《产经新闻》访问，并在公开演讲中严厉批评蔡英文，敦促蔡英文回归他（她）俩在1999年提出的“两国论”框架，就是“台独”基本教义派的心态写真。所以，在绿营基本盘、特别是基本教义派这里，因为没有说清楚两岸关系的性质，蔡英文也面临越来越大的压力，满意度也开始流失。这就是蔡英文所面临的两难困境。
为什么蔡英文会面临这个两难困境？
是因为“独立”和“统一”是一对无法协调的根本矛盾，也是所有台湾领导人都必须直面并给出明确答案的难题。在这个问题上，李登辉推出“两国论”、陈水扁推出“一边一国论”，马英九推出“一中各表”的“九二共识”，都各得其所。而因为没有说清楚两岸问题的性质，蔡英文却将自己摆进了两难处境。
其实对蔡英文而言，她大可不必如此艰难腾挪。既然在这个问题上继续模糊只能更加被动，甚至可能还会连累到民进党后期执政。伸头也是一刀，缩头也是一刀，还不如干脆就大胆说清楚两岸关系的性质，然后概括承受其所有结果——如果是一国，那就和北京好好相处，让“独派”死心；如果是“两国”，那就和“独派”一起，准备好接受冲突和战争。