针对民进党台南市长赖清德炮轰台北市长柯文哲所讲的“两岸一家亲”只是空话，大陆的飞弹还是朝向台湾；柯文哲20日傍晚在“台北2050愿景计划”会后记者会回应：“赖清德的质疑没有不对，我只是一种态度的表示，先表达善意，希望两岸关系不要僵在那里。”他认为：“国民党和大陆交流已经让台湾人民不信任了，民进党和大陆的互信度也很低，所以希望两岸关系不要太僵持、走进死胡同，所以才做这些事情（双城论坛）。”

　　 柯文哲19日晚间搭机自上海返台，各界对于他此行谈到“两岸一家亲”、“尊重并了解九二共识”等谈话，表示高度肯定。但是，赖清德20日炮轰柯文哲，“两岸一家亲”只是空话，哪有把飞弹对着亲戚的？同时，李登辉也在日本杂志VOICE上撰文指出，1992年两岸没有达成任何共识，根本没有“九二共识”。赖清德和李登辉的观点，都反驳了柯文哲近期的谈话。

　　 对于赖清德的批评，柯文哲回应：“我们目的很清楚，促进交流、增加善意，现在还有一个建立互信，互相认识、互相了解、互相尊重、互相合作，真正目的是，希望台湾人民可以过好一点的生活。”

　　 柯文哲认为：“在目前两岸关系上，国民党现在在两岸关系上，可能有信用破产的问题，国民党和大陆的交往，对台湾人民来讲，只有不信任。就我个人经验当中，中国大陆和民进党的互信度蛮低的，甚至有一点僵的局面，对我来讲，就是希望两岸关系不要太僵持，变成走入死胡同，才去做这些事情，不然坦白讲，两岸是总统的事，不是台北市长的事。”